南瓜不仅有较高的食用价值，而且有着不可忽视的食疗作用。据《滇南本草》载：南瓜性温，味甘无毒，入脾、胃二经，能润肺益气，化痰排脓，驱虫解毒，治咳止喘，疗肺痈便秘，并有利尿、美容等作用。国内外医学专家、学者研究实验表明，食南瓜，还有治疗前列腺肥大（南瓜子可治前列腺肥大）、预防前列腺癌、防治动脉硬化与胃粘膜溃疡、化结石作用。
南瓜分泌的胆汁可以帮助我们促进肠胃蠕动，帮助食物消化，同时其中的果胶可以让我们免受粗糙食品的刺激，保护我们的胃胶道粘膜。另外南瓜可以使肝、肾功能得到恢复以及再生的能力，因为南瓜可以消除致癌物质亚硝酸的突变作用。