马卡龙最理想的保存方法为零下18℃冷冻保存，可以保存1个月左右;如果是冷藏保存，仅能保存1周左右。
成品后的马卡龙很娇弱。大多粉马卡龙都会用到黄油或巧克力做馅料的底料，再配以坚果，水果，淡奶油等辅料调味，因此马卡龙是需要冷藏保存的，食用前，可在室温下回温一会。但室温较高时，她很快就会塌软，甚至溶化，花容失色。冷藏保存的时间也不宜过长，一般两三天内尽快食用完毕，否则口感也会大打折扣。